Stará jablka mohou být zdrojem moniliové hniloby a strupovitosti. Proto je důslední zahrádkáři kompostovat nedoporučovali. Při dodržení určitých zásad je naštěstí zkompostovat lze, a to bez nebezpečí šíření nemoci. Jablka, která jeví známky moniliózy, nesmí zůstat na stromě ani pod ním proto, že na přezimujících moniliózních plodech se na jaře vytvářejí výtrusy, které se pak především za deštivého počasí šíří do svého okolí. Proto nejzávažnějším zdrojem moniliové hniloby jsou plody, které zůstávají viset na stromech, a částečně pak i napadené plody ležící pod stromy nebo na různých skládkách.
Hlavním zdrojem chorob jsou napadené listy a u hrušní pak i napadené větvičky.
Napadené plody kompostujeme tak, že je ještě před příchodem zimy v kompostu převrstvíme dostatečně vysokou vrstvou jiného materiálu. Díky této mechanické zábraně se výtrusy nemocí nemohou dostat ven a šířit se do okolí. Kompost se tak stane bezpečným úložištěm napadených jablek, a navíc neztratíme cenné látky, které tyto plody obsahují a které po zkompostování poslouží jako hnojivo pro další výživu rostlin.
Pokud však shnilá jablka zůstanou ležet na povrchu kompostu, pak samozřejmě zdrojem dalšího šíření mohou být. Totéž platí i pro případ strupovitosti. Zbytky shnilých plodů ve vyzrálém kompostu již žádným zdrojem chorob však být nemohou.
Kromě moniliózy a strupovitosti pravděpodobně neexistují žádná běžně se vyskytující onemocnění, které by se mohly šířit prostřednictvím kompostovaných plodů. Snad jedinou výjimkou je nebezpečná bakteriální spála růžovitých.